O Santuário de Hakone fica no pé do Monte Hakone, ao longo das margens do Lago Ashi. Os edifícios do santuário estão escondidos na floresta densa, mas são bem anunciados por seus enormes portões torii, um de pé no lago e dois outros na rua principal de Moto-Hakone.

Um caminho leva do portão no Lago Ashi por uma série de degraus ladeados por lanternas pela floresta até o prédio principal do santuário, que fica pacificamente entre as árvores altas.

Um segundo santuário, Mototsumiya (“santuário original”) fica no cume de Komagatake, um dos múltiplos picos do Monte Hakone. É acessível pelo teleférico Hakone Komagatake de Hakone-en ou por trilhas para caminhadas.